Podział na kaganat wschodni i zachodni thumb|Tzw. Wieża Burana, jedyna pozostałość po mieście Bałasaghun Karachanidzi kontynuowali tradycje dualnego modelu sprawowania władzy obecne w kaganacie Turkutów. W swojej w pełni rozwiniętej formie objawiał on się w istnieniu dwóch kaganatów, wschodniego i zachodniego, przy czym kagan wschodni, noszący tytuł Arslan Kara Kagan, był wyższym w hierarchii w stosunku do kagana zachodniego, noszącego tytuł Bughra Kara Kagan. Ponadto obu kaganom podlegali Ilig i Tegin, tj. Arslan Ilig i Arslan Tegin kaganowi wschodniemu oraz Bughra Ilig i Bughra Tegin kaganowi zachodniemu. Trzeba tutaj zauważyć, że Arslan, czyli lew, był totemem plemienia Czygil, także wchodzącego w skład federacji Karłuków, zaś Bughra, czyli wielbłąd, to totem wspomnianych już Jagma. Stolicami wschodniego kaganatu były Bałasaghun (także Kara Ordu, Kuz Ordu) położony w dolinie rzeki Czu i Kaszgar, zachodniego zaś Samarkanda.