Aresztowany 6 marca 1945 w Miechowie przez Urząd Bezpieczeństwa, został w początkach kwietnia zwolniony na interwencję władz uniwersyteckich. Jako profesor tytularny UJ wznowił na Wydziale Prawa wykłady i seminarium z prawa narodów. Powrócił także do pracy w Akademii Handlowej. Objął tu ponownie kierownictwo Katedry Organizacji Handlu. W latach 1946–1949 był rektorem Akademii Handlowej uzyskując urlop od zajęć na UJ. Zygmunt Sarna był niechętnie widziany przez nowe władze państwowe (w opinii wystawionej przez uczelnianą organizację partyjną w 1949 lub 1950 pisano o nim: Były obszarnik. Jeden z byłych współwłaścicieli Akademii Handlowej. Wykładowca technicznie dobry, treść pozostawia dużo do życzenia. Politycznie koniunkturalista. W lutym 1949 złożył rezygnację ze stanowiska rektora. W listopadzie 1950 rozwiązano z profesorem dawną umowę i zatrudniono w charakterze profesora kontraktowego. W 1950/51 kierował jeszcze katedrą, przemianowaną teraz na Katedrę Organizacji i Techniki Handlu. Od 1 października 1951 pozbawiono go kierownictwa katedry i zawieszono w wykonywaniu funkcji dydaktycznych. Pozostał jednak członkiem grona profesorskiego, uczestniczył w pracach katedry i wchodził do różnych komisji uczelnianych, stopniowo jednak z nich usuwany.