On sam zaproponował SB, że w zamian za wsparcie materialne napisze książkę o getcie warszawskim, w której zdemaskuje „nacjonalistów żydowskich, dążących wszelkimi sposobami do ukrycia faktów bierności Żydów w czasie okupacji wobec okupanta, ukrycia różnego rodzaju kolaborantów wysługujących się gorliwiej, aniżeli niektórzy kolaboranci Polacy”. Oferta ta nie została jednak przyjęta. Po śmierci dyrektora ŻIH został uznany przez SB za nieprzydatnego i skreślony z ewidencji.
W 1965 roku Bednarczyk otrzymał od spadkobierców zamieszkałego w Nowym Jorku Izaaka Goldwassera samochód marki Volkswagen Sedan de Lux 113, mający być formą podziękowania od zmarłego za pomoc udzieloną mu przez Bednarczyka w czasie okupacji. Bliższe szczegóły tej sprawy pozostają nieznane.
Bednarczyk i jego stronnicy kilkukrotnie podejmowali zabiegi w celu przyznania mu medalu „Sprawiedliwy wśród Narodów Świata”. Nadanie mu tego odznaczenia zostało jednak zablokowane, m.in. staraniem Władysława Bartoszewskiego.
Po 1962 roku jego publicystyczna kariera została chwilowo zahamowana, a jego enuncjacje zaczęły być traktowane z rosnącą nieufnością. Bednarczyk całkowicie stracił zaufanie Marka. Na przełomie lat 60. i 70.