2/1 poc./h.
Ruch pociągów miejsko-aglomeracyjnych jest na wielu kierunkach bardzo gęsty, na liniach czterotorowych sięga 60 par pociągów w godzinie szczytu. System JR jest przeciążony, obciążenia w porannym szczycie sięgają 210% nominalnej pojemności pociągów. Trzy linie JR eksploatowane są z ”przechodzeniem pociągów” na metro, jedna – z „przechodzeniem” na Rinkai-sen.
thumb|Shinkansen typu E4, używany dla dojazdów codziennych do Tokio
Shinkansen a ruch regionalny Linie Shinkansen, dochodzące do Dworca Tōkyō, mają stacje rozmieszczone co 30-40 kmLinia Tōkaidō Shinkansen eksploatowana jest przez kolej JR Tōkai.. Kilka z nich przypada na region Kantō. Chociaż na bliższych dystansach system taryfowy preferuje codzienne podróże pociągami konwencjonalnymi, to prędkości osiągane przez pociągi Shinkansen umożliwiają dojazdy na większych odległościach. Wyjątkową rolę pełni ponadto Nagano Shinkansen, który, wobec zamknięcia równoległej linii konwencjonalnej pod przełęczą Usui, przenosi cały ruch między rejonem Karuizawy i Tokio.