Obecność Anny w Rzeczypospolitej chwilowo wzmocniła pozycję szlachty różnowierczej. Królewnę traktowano jako pośredniczkę w sprawach religijnych. Wazówna wspierała finansowo gminy protestanckie w Rzeczypospolitej. Opiekowała się emigrantami politycznymi ze Szwecji, finansując ich edukację. Zarazę próbowała wykorzystać jako okazję do legalizacji nabożeństw luterańskich na zamku w Brodnicy, postrzegając, zgodnie z barokowym myśleniem, epidemię jako karę za grzechy.
Prawdopodobnie z powodu licznych dolegliwości zaczęła zgłębiać wiedzę medyczną. Wiedziała o leczniczych właściwości roślin, organów zwierząt i minerałów. Sprowadzała oraz uprawiała rzadkie i nieznane w Polsce rośliny oraz samodzielnie przygotowywała leki. Niektóre specyfiki wyrabiali pod jej nadzorem służący. Chętnie, szczególnie na dworze królewskim, dzieliła się wiedzą medyczną – udzielała rad, gdy Zygmunt III cierpiał z powodu bólów ucha i kończyn, niektóre kuracje odradzała. Lekarzy obdarzała ograniczonym zaufaniem. Stosowała niekonwencjonalne wówczas metody leczenia, m.in. uprawiała w celach leczniczych tytoń.