Skrajnie osłabiony dowieziony został tylko do Torunia, gdzie zmarł. Pochowany został w Katedrze we Fromborku. Nie znamy dokładnego jego miejsca pochówku. W ciągu swojego życia utrzymywał najbardziej bliskie kontakty z rodziną von Allenów, braćmi Mikołajem i Andrzejem Kopernikami oraz Katarzyną Peckau, swoją przyrodnią siostrą, ksienią w klasztorze w Chełmnie.
Krystyna von Allen z domu Watzenrode – starsza siostra Barbary, wyszła w 1459 roku za mąż za Tiedemana von Allena, burmistrza toruńskiego. Mieli dwanaścioro dzieci, z których troje umarło niedługo po porodzie. Posiadali majątek ziemski Sławkowo odziedziczony po Łukaszu Watzenrode, ojcu Krystyny, powiększony o dokupioną od brata jego część spadku. Krystyna umiera przed 1502 rokiem. Jej dzieci to Katarzyna, Tileman, Krystyna, Łukasz, Urszula, Elżbieta, Barbara, Paweł, Albrecht, Kordula. Kordula von Allen wychodzi za Reinholda Feldstedta (1468–1529), rajcę gdańskiego i pierwszego dzierżawcę Nowego Dworu Gdańskiego. Łukasz von Allen zostaje w Toruniu. To jemu ustnie przekazuje swą ostatnią wolę umierający w 1512 roku Łukasz Watzenrode. Krystyna wychodzi za Henryka Krügera, burmistrza toruńskiego, a Barbara za Johana Beutela, który też zostaje burmistrzem Torunia.