Na pewien czas w Egipcie religią państwową był monoteizm. Faraon Echnaton z XVIII dynastii, zwany heretykiem zakazał kultu wielu bogów i wprowadził jednego – Atona. Po jego śmierci, za panowania jego syna Tutanchamona przywrócono władzę bóstwom Egiptu. Całkowicie kult Atona zanikł po śmierci Tutanchamona.
Chrześcijaństwo i islam W okresie bizantyjskim kulty egipskie zastąpione całkowicie przez chrześcijaństwo, które było religią państwową cesarstwa. W 392 cesarz Teodozjusz I Wielki nakazał zamknąć na zawsze wszystkie pogańskie (w tym egipskie) świątynie. Był to poważny cios dla kultury starożytnej Egiptu (który był jedną z prowincji cesarstwa), ponieważ świątynie egipskie służyły nie tylko do oddawania czci bóstwom, lecz były również szkołami i bibliotekami. Koptowie (Egipcjanie od ok. 30 r. p.n.e.) przechodzili stopniowo na chrześcijaństwo i utworzyli egipski kościół chrześcijański – Kościół koptyjski. Nowy kościół pozostał w stosunkach z papiestwem i Bizancjum. Po Soborze chalcedońskim doszło do rozłamu na prawowiernych i melchitów, czyli katolików.
Po schizmie wschodniej kościół ten pozostał pod wpływem Konstantynopola i zerwał związki z Rzymem.