W kwietniu licząca około 30 tys. ludzi armia mahdystów pod wodzą Hagi Mohameda abu Gergera podeszła pod miasto i zajęła osadę Omdurman. Załoga Gordona dokonywała ostatnich wycieczek zwożąc z okolicznych pól płody rolne. Jedna z takich akcji zakończyła się porażką sporego oddziału mahdystów, co spowodowało zmianę dowodzącego ich armią. Teraz na czele sił oblężniczych stanął Abd er Rahman.
Przez pierwsze kilka miesięcy w mieście panował spokój. Gordon odrzucił propozycję Mahdiego by przeszedł na jego stronę, w czym poparła go rada doradcza, złożona z oficerów i znaczniejszych obywateli miasta. Gordon zdawał sobie sprawę, że mahdyści zaatakują w styczniu, gdy poziom wód Nilu znacznie opadnie, ale liczył, że do tego czasu nadejdzie odsiecz. Tymczasem mahdyści ostatecznie zdobyli Berberę, a Anglikom i Egipcjanom z trudem udało się utrzymać w rękach północne obszary Sudanu.
4 września na przedpolach Chartumu doszło do bitwy, w której Gordon poniósł dotkliwe straty – ponad 800 zabitych. Od tej pory oblężeni zamknęli się w mieście, gdzie potęgował się nastrój przygnębienia i brak wiary w ratunek. Na dodatek 5 stycznia mahdyści zdobyli fort w Omdurmanie, podciągnęli bliżej działa i rozpoczęli nieustanny ostrzał miasta, w którym zaczął się głód.