Wyrok pozostał tylko na papierze wobec braku możliwości jego wykonania przez państwo.
Jako poseł na sejm konwokacyjny 1648 roku z województwa wołyńskiego był członkiem konfederacji generalnej zawiązanej 31 lipca 1648 rokuVolumina Legum, t. IV, Petersburg 1860, s. 86..
Poseł sejmiku włodzimierskiego województwa kijowskiego na sejm 1650 roku, sejm nadzwyczajny 1652 roku, sejm 1653 roku, sejm nadzwyczajny 1654 roku, sejm zwyczajny 1655 rokuStefania Ochmann-Staniszewska, Zdzisław Staniszewski, Sejm Rzeczypospolitej za panowania Jana Kazimierza Wazy. Prawo – doktryna – praktyka, tom II, Wrocław 2000, s. 359..
Kontrowersyjne działania Niemirycz podczas potopu szwedzkiego zaczął popierać szwedzkich najeźdźców, widząc w nich obrońców wolności religijnej. Jego służba w armii szwedzkiej, akcja propagandowa wzywająca do popierania Szwedów oraz udział w przygotowaniu projektu rozbioru Polski w 1657 (traktat w Radnot) wyrobiły mu u większości polskiej szlachty opinię zdrajcy. Jego działania zaszkodziły też wspólnocie braci polskich, którzy również byli postrzegani jako zdrajcy.