W 1656 roku król Jan Kazimierz przed zdobyciem Warszawy złożył przysięgę, że wypędzi wszystkich braci polskich z granic kraju.
W 1658 Niemirycz doprowadził do zawarcia i ratyfikacji unii hadziackiej (której tekst sam prawdopodobnie przygotował)Natalia Jakowenko, Historia Ukrainy do końca XVIII wieku, s. 250., a która w formie traktatu pomiędzy Rzecząpospolitą Obojga Narodów a wojskiem zaporoskim ustanawiała równorzędny podmiot prawny (państwo) Księstwo Ruskie na obszarze województw: kijowskiego, bracławskiego i czernihowskiego i przyznanie Cerkwi prawosławnej na tych terenach uprzywilejowanej pozycji.
Aby ułatwić realizację tego planu, Niemirycz formalnie przyjął prawosławie i wezwał braci polskich i innych protestantów, aby uczynili to samo. Tym razem został uznany za zdrajcę przez wszystkich innowierców – żaden nie poszedł za jego przykładem. Samuel Przypkowski ostro skrytykował jego postępowanie. Niemirycz zyskał opinię cynicznego karierowicza i krypto-arianina (tym bardziej, że nie zamknął zborów ariańskich).