Pod koniec wojny Charlotte Garrgiue-Masaryková zaczęła chorować na serce i cierpiała na depresję. Wkrótce została hospitalizowana w sanatorium w Veleslavínie. Po zakończeniu wojny, 20 grudnia 1918 roku powrócił do Czech Tomasz Garrigue-Masaryk i 21 grudnia odebrał żonę z sanatorium.
Działalność polityczna i społeczna Charlotte Garrigue-Masaryková była orędowniczką ruchu feministycznego tzw. „pierwszej fali” w Czechach i m.in. ze względu na swoje poglądy wystąpiła z Kościoła unitariańskiego. W 1882 wstąpiła do Klubu Dam Amerykańskich założonego przez Vojtěcha Náprstka i zaczęła intensywne działania na rzecz szerszego dostępu kobiet do edukacji. Wspierała także sekcję żeńską czeskiego „Sokoła” oraz žižkovską organizację "Domovina pro záchranu svedených děvčat". W 1890 roku we współpracy ze swoją nauczycielką języka czeskiego przełożyła na język czeski dzieło Johna Stuarta Milla, pt. Poddaństwo kobietKsiążka ukazała się w dwóch tomach w Pradze, nakładem Časopisu českého studenstva.. W 1905 roku wstąpiła do Czechosłowackiej Socjaldemokratycznej Partii Robotniczej (czes. Československá sociálně demokratická strana dělnická, dzisiejsza ČSSD), ale podobnie jak jej mąż, odrzuciła marksistowską teorię walki klas.