Po upadku monarchii austro-węgierskiej w 1918 roku, alianci uznali męża Charlotte Garrigue Masarykovej – Tomasza Masaryka za głowę rządu czeskiego, w 1920 roku został on wybrany pierwszym prezydentem Czechosłowacji. Dzięki staraniom Ch. Garrigue-Masarykovej w pierwszej konstytucji Czechosłowacji z 1920 roku zagwarantowano kobietom takie same prawa obywatelskie jak mężczyznom, w tym prawo wyborcze. Postanowienia te realizowały artykuły: 9, 10, 14 i 15.
Na skutek postępującej, nieznanej choroby, reprezentacyjną rolę pierwszej damy przejęła w 1922 roku córka Alice. We wrześniu 1922 roku Charlotta Masarykova przeżyła ciężki zawał serca. 1 maja 1923 pojawiła się martwica mózgu a wraz z nią częściowe obumarcie organizmu. Zmarła nad ranem, 13 maja 1923 roku, w Zamku Lány, letniej rezydencji prezydenckiej położonej pod Pragą. Rodzina mąż: Tomasz Garrigue Masaryk córki: Alice Masaryková Eleanora Masaryková Hana Masaryková Olga Masaryková synowie: Herbert Masaryk Jan Masaryk