W maju 1989 zadecydowano, że trzy organizacje: „Gagauz-halkı”, „Birlik” oraz „Vatan” zjednoczą się w jedną, pod wspólną nazwą „Gagauz-halkı”, przy czym każdy z tych podmiotów zachowa swoją samodzielność. Dnia 21 maja 1989 roku odbył się zjazd zjednoczeniowy społeczno-politycznych organizacji „Gagauz-halkı”. Wzięło w nim udział 528 delegatów, w tym 332 Gagauzów. Od tego momentu zaczęto czynić przygotowania do ustanowienia autonomii.

Republika Gagauska została proklamowana 19 sierpnia 1990 roku (jako republika socjalistyczna) – był to jednakże twór separatystyczny w odniesieniu do Mołdawskiej SRR. Ogłoszono, że obywatele Republiki Gagauskiej zachowują obywatelstwo ZSRR, jednak przestają być obywatelami Mołdawskiej SRR. Po upadku ZSRR, Gagauzi znaleźli się w granicach nowego państwa jakim jest Republika Mołdawii, która swą niepodległość ogłosiła 27 sierpnia 1991. Od samego początku stosunki pomiędzy Komratem a Kiszyniowem były bardzo napięte. Władze centralne w Kiszyniowie nie uznawały secesji (zarówno władze Mołdawskiej SRR jak też władze niepodległej Mołdawii).