Radni posłużyli się teologicznymi pismami Kalwina, polemizującymi z poglądami antytrynitarnymi i anabaptystycznymi, aby mieć argument teologiczny przeciwko Servetowi. Sam Kalwin nie uczestniczył w procesie Serveta i jedynie pośrednio miał wpływ na wydany wyrok.

W 1559 Kalwin założył w Genewie akademię teologiczną dla szerzenia nauki reformowanej. Sam brał udział w licznych dysputach religijnych, napisał szereg pism religijnych, komentarzy do Biblii i prowadził ożywioną korespondencję. Uczył o podwójnej predestynacji, tj. o bezwzględnym przeznaczeniu wiernych do nieba, a niewiernych na potępienie. W Komunii Św. widział duchową (nie materialną) obecność ciała i krwi Chrystusa przez wiarę. Odrzucił wszystkie urządzenia kościelne, nie posiadające oparcia w Piśmie Świętym, w tym instytucję hierarchicznego duchowieństwa, i wprowadził zasadę wybieralności pastorów przez wiernych. Był przeciwny wszelkim objawom „pogańskiego bałwochwalstwa”, w tym kultowi świętych, Matki Boskiej, obrazów, posągów i relikwii. Znacznie bardziej rygorystyczny pod tym względem niż Luter, sprzeciwiał się jakiemukolwiek ozdabianiu kalwińskich kościołów (w których często brak było nawet krzyża).

Po 23 latach faktycznych rządów Kalwina (nigdy nie miał żadnej oficjalnej funkcji politycznej), Genewa stała się silną republiką protestancką z uniwersalistycznym Kościołem (zyskała wówczas miano „Rzymu protestanckiego”).