Władza libertynów blokowała pomysły Kalwina i musiał on z uporem walczyć o przeprowadzanie konkretnych reform. W dodatku Kalwin przez niemalże cały okres swojego pobytu w Genewie nie miał statusu obywatela miasta, co uniemożliwiało mu branie udziału w wyborach do rady miejskiej i poważnie ograniczało jakiekolwiek wpływy w rządzeniu. Kalwin stał się obywatelem Genewy dopiero w 1559.

Od 1542 do 1546 stracono 58 osób, a 78 skazano na wygnanie. Wśród skazanych na śmierć były tzw. „czarownice z Peney” – 34 kobiety oskarżone o roznoszenie zarazy (dżumy) za pomocą maści rozsmarowywanej na odrzwiach i klamkach oraz za pomocą czarów. Winowajcy przyznali się do rozprzestrzeniania zarazy i zostali straceni. Innym przykładem surowości dyscypliny kościelnej w Genewie jest spalenie Hiszpana Miguela Serveta w 1553, przede wszystkim z powodu heterodoksyjnego poglądu na Trójcę Świętą. Należy jednak pamiętać, że wszelkie sprawy sądowe były roztrząsane przez władze miasta, do których Kalwin wówczas nie należał. Spalenie Serveta było czynem mającym podkreślić ortodoksyjność i autorytet rady miejskiej, której członkowie (głównie libertyni) tracili poparcie społeczne. Gest miał przysporzyć im nowych wyborców.