Po powrocie do Stanów Zjednoczonych w 1972 roku rozpoczął pracę w Wydziale Sowieckim i Wschodnioeuropejskim (obecnie wydział Środkowej Eurazji). W 1973 roku rozpoczął naukę języka rosyjskiego i został przyłączony do grupy planującej operacje przeciwko przedstawicielom ZSRR w Stanach Zjednoczonych. Mimo dalszych incydentów związanych z nadużywaniem alkoholu, z powodu sympatii, jaką darzyli go przełożeni, nie został zwolniony.
W 1976 roku został przeniesiony do Nowego Jorku. Tam, jako agent prowadzący, zajmował się dwoma bardzo ważnymi sowieckimi informatorami, zwerbowanymi przez CIA. Podczas pobytu w Nowym Jorku Amesowi wydarzył się przypadek, który o mało nie zakończył się jego zwolnieniem z CIA. Podczas powrotu ze spotkania z agentem w nowojorskim metrze Ames zostawił walizkę ze ściśle tajnymi dokumentami, które właśnie przekazał mu Rosjanin. Federalne Biuro Śledcze po szybkim śledztwie odzyskało walizkę, którą znalazł polski imigrant, lecz do tej pory nie wiadomo, czy jakiekolwiek materiały zostały skopiowane lub sfotografowane. Praca Amesa w Nowym Jorku dobiegła końca. We wrześniu 1981 roku otrzymał propozycję wyjazdu na placówkę CIA do Meksyku, którą przyjął.