Zakaz dotyczył także innych świątyń oraz ratusza.
Budowę sklepień i wieży dokończono jeszcze w trakcie wojny trzynastoletniej. Wtedy też kościół otrzymał formę, w jakiej istnieje do chwili obecnej.
W 1456, już po powrocie Gdańska do Polski, biskup kujawski Jan Gruszczyński dokonał podziału miasta na 6 parafii. Wówczas to świątynia stała się kościołem parafialnym.
W latach 1463–1465 kościół otrzymał sklepienia gwiaździste.
W ciągu XV i XVI w. cechy rzemieślnicze, zamożniejsze rodziny i bractwa ufundowały łącznie 13 ołtarzy, dedykowanych m.in. Najświętszej Maryi Pannie, św. Krzyżowi czy św. Jakubowi. Od poł. XVI w. kościół św. Jan stał się definitywnie świątynią luterańską i z biegiem czasu ołtarze te zaczęły znikać. W ich miejsce pojawił się w 1612 wielki kamienny ołtarz Abrahama van den Blocke’a, zachowany do dziś.
W 1543 r. wieżę kościelną strawił pożar. Zniszczenia usunięto po 24 latach. Niedługo potem pojawił problem ze stabilnością budowli. Zbyt ciężka i posiadająca zbyt słabe fundamenty świątynia zaczęła nierównomiernie osiadać na niestabilnym gruncie. Na niestabilność budowli miały także wpływ zbyt głębokie pochówki. Prezbiterium już w drugiej połowie XVII wieku było bliskie zawalenia się, a ze ściany wschodniej odpadły szczyty.