W 1679 ustawiono potężne przypory wschodniej ściany, odchylonej od pionu o blisko metr, aby uratować ją przed zawaleniemKrzywa ściana dawnego gdańskiego kościoła. Konstrukcję wzmacniano kilkakrotnie od końca XVI w., przez cały wiek XVII i XVIII. W międzyczasie około 1650 pojawiły się dwa barokowe domki po południowej stronie prezbiterium. W jednym z nich mieszkał kościelny, w drugim zaś diakonisy luterańskie. Domki te zostały zniszczone w 1945 r. i odtworzone w latach 2009–2010.
W latach 1680–1690 przy północnej stronie transeptu powstała biblioteka fundacji Zachariasza Zappio. Innymi przybudówkami dostawianymi z biegiem czasu do świątyni były duża zakrystia oraz kaplica św. Ducha przy transepcie południowym.
thumb|left|Widok archiwalny (XIX w.) W 1823 rozebrana została sygnaturka, uszkodzona w 1807 podczas oblężenia miasta (zrekonstruowana sygnaturka znalazła się ponownie na dachu wiosną 2012Andrzej Januszajtis opowiada: Świętojańska sygnaturka, Gazeta Wyborcza Trójmiasto 14.04.2012). W II poł. XIX w. uporządkowano otoczenie świątyni, a ją samą ogrodzono murem.