W marcu 1945 kościół spłonął. Zniszczeniu uległy więźba dachowa, dach, okna i posadzka, naruszona została konstrukcja, a także bliźniacze kamieniczki barokowe przy południowej ścianie prezbiterium. Po zakończeniu działań wojennych wypalony budynek kościoła przykryto dachem i zabezpieczono jego cenne sklepienia. Samą świątynię przeznaczono na lapidarium. W jego wnętrzu przechowywane były fragmenty rzeźb znajdowanych w ruinach, by po identyfikacji użyć ich do odbudowy gdańskiej starówki. Sam kościół natomiast nie został objęty planową rekonstrukcją Głównego Miasta. W 1948 roku wykonano jedynie przyporę, aby zatrzymać proces odchylania się narożnika północno-wschodniego od pionu.
Większość jego wyposażenia została przeniesiona do Kościoła Mariackiego w Gdańsku. Kościół nie został po wojnie przejęty na cele kultu religijnego, przez wiele lat niszczał, stanowił także scenografię dla filmów wojennych (m.in. Kolumbowie w reżyserii Janusza Morgensterna), skutkiem czego popadał w dalszą ruinę.
W 1960 gmina ewangelicka zrezygnowała z własności świątyni.
Pod koniec lat 60. odbudowana została wieża. Od 1965 do 1985 palowano i wzmacniano filary. W latach 80. zrekonstruowano sklepienia. W maju 1986 zawalił się jeden z filarów i runęła część sklepienia.