W 1989 roku nastąpiła zmiana finansowania transportu publicznego, co negatywnie wpłynęło na funkcjonowanie WPK. W tym samym roku odłączył się oddział w Gorlicach tworząc MZK. Podobnie w 1991 roku było z jednostkami w Nowym Targu i Limanowej, co doprowadziło do przekształcenia się WPK w Miejski Zakład Komunikacyjny w Nowym Sączu. W sierpniu 1995 roku nastąpiło przekształcenie zakładu budżetowego w Miejskie Przedsiębiorstwo Komunikacyjne Sp. z o.o., co doprowadziło do przejęcia części połączeń MPK przez PKS Nowy Sącz. Na początku lat 90. XX wieku zlikwidowano linię do Piwnicznej-Zdroju, następnie zniknęły linie A i B oraz skrócono inne połączenia.
Wzmocnieniem taboru w 1992 roku było dostarczenie 8 Jelczy 120M (#372-#380), a w 1996 roku zakup siedmiu autobusów marki Autosan H6-20 (#21-#27). W 1998 roku obchodzono jubileusz 50-lecia komunikacji miejskiej w Nowym Sączu. Z tej okazji zakupiono 9 autobusów marki Jelcz 120MM/2 (#381-389) oraz 6 MAN-ów A21 – podtyp NL222 (#111-#116). Sześć egzemplarzy niemieckiego producenta były powiewem nowoczesności, ze względu na niską podłogę oraz wysoki komfort, który oferowały. Były to pierwsze autobusy w nowym, żółtym malowaniu zakładowym MPK Nowy Sącz.