W trakcie dalszej działalności nawiązał współpracę m.in. ze Związkiem Studentów Akademii Medyko-Chirurgicznej w Wilnie, Andrzejem Towiańskim i Polakami mieszkającymi w Petersburgu. Starał się także podjąć współpracę z Rosjanami. Jednocześnie utrzymywał korespondencję z Joachimem Lelewelem.
Proces i stracenie Za sprawą Ludwika Filipa Rosjanie dowiedzieli się o działalności radykalnych polskich stronnictw emigracyjnych i Konarskiego, którego car rozkazał aresztować. 27 maja 1838 roku w Krzyżówce opodal Wilna Konarski wraz z Ignacym Rodziewiczem zostali pojmani. Osadzono ich w więzieniu urządzonym w części dawnego wileńskiego klasztoru bazylianów. Śledztwo prowadził sadystyczny książę Aleksy Trubeckoj, wicegubernator wileński, wkrótce Rodzewicz załamał się i zaczął zeznawać. Po aresztowaniu Antoniego Orzeszki zatrzymania objęły cały zabór rosyjski. Jednocześnie mimo wymyślnych tortur Konarski przyjął całą winę na siebie i starał się przedstawiać swoich towarzyszy jako osoby manipulowane przez niego.