W sprawozdaniu dla generała-gubernatora wileńskiego jeden z kniaziów torturujących Konarskiego pisał tak: Ten zatwardziały zbrodniach nic nie wyznał, nikogo nie wydał z uporem niewybaczalnym… W więzieniu Konarski nawiązał współpracę ze strażą, a porucznik Mikołaj Kuźmin-Korowajew próbował zorganizować ucieczkę, sam jednak został aresztowany i skazany na śmierć przez ćwiartowanie (karę zamieniono na dożywotnie zesłanie).
Wyrokiem sądu Konarskiego skazano na rozstrzelanie. 27 lutego 1839 roku, w Wilnie w godzinach rannych wykonano wyrok. Jego grób został stratowany końmi, by nigdy go nie odnaleziono. We wrześniu 1839 roku zwłoki Konarskiego potajemnie zostały przeniesione i pochowane przez Antoninę Śniadecką przy asyście kilku oficerów na cmentarzu kalwińskim w Wilnie.
W 1924 roku w miejscu stracenia Konarskiego w Wilnie, w 85. rocznicę jego śmierci, wzniesiono upamiętniający go pomnik. 23 listopada 2022 roku odsłonięto go po rekonstrukcji i restauracji.