Harcerstwo nie mogło nie brać udziału w walkach wojennych i podziemnych prowadzonych przez polskie społeczeństwo, gdyż do takich walk było ono tworzone i przygotowywane. Harcerstwo polskie to jedyna organizacja w światowym skautingu, która w II wojnie światowej wzięła tak wielki i tak zasadniczy udział w konspiracyjnych walkach swojego narodu.
Harcerstwo konspiracyjne dzieliło się na dwa piony: Organizację Harcerzy i Organizację Harcerek. Organizacja Harcerzy przyjęła kryptonim „Szare Szeregi”, który zapoczątkowany w Wielkopolsce, został później rozciągnięty na całą Organizację Harcerzy. Organizacja Harcerek przyjęła kryptonim „Związek Koniczyn” (od 1943 „Bądź Gotów”).
Naczelnictwo ZHP, będące władzą zwierzchnią całej, zarówno żeńskiej, jak i męskiej organizacji, istniało od początku. Pracowało na posiedzeniach, które odbywały się w zasadzie raz na miesiąc. W pierwszym okresie – u Przewodniczącego ks. hm RP Jana Mauersbergera w Konstancinie pod Warszawą.