Naczelnictwo w składzie podanym poprzednio pracowało do śmierci ks. Jana Mauersbergera, tj. do 12 sierpnia 1942 r. Po jego śmierci Naczelnictwo wybrało na Przewodniczącego dr Tadeusza Kupczyńskiego, który funkcję tę sprawował aż do rozwiązania struktur konspiracyjnych ZHP w styczniu 1945 r. Kandydaturę dr Kupczyńskiego wysunęła Organizacja Harcerek. Przewodniczący ZHP dr Tadeusz Kupczyński oraz W. Opęchowska, A. Olbromski, M. Wocalewska i F. Marciniak stanowili Naczelnictwo ZHP w tym składzie do 6 maja 1943 r. t j. do dnia aresztowania Naczelnika Harcerzy hm. Floriana Marciniaka.
W kilka dni później Naczelnictwo mianowało Naczelnikiem Harcerzy hm. Stanisława Broniewskiego.
Pięcioosobowy skład Naczelnictwa powiększył się niebawem o jedną osobę: Naczelnego Kapelana, którym został ks. hm. Jan Zieja. Tuż przed wybuchem powstania hm. M. Wocalewska przestała być reprezentantką Organizacji Harcerek, a stała się zwykłym członkiem Naczelnictwa. W skład Naczelnictwa weszła zastępczyni Naczelniczki Harcerek hm. Zofia Florczakówna.