Taka konwencja ułatwia rysowanie i odczytywanie wzorów strukturalnych związków organicznych, uwzględniających rzeczywiste przestrzenne rozmieszczenie atomów w cząsteczce (czyli jej konfigurację).
thumb|center|400px|Przykłady wzorów chemicznych – metylocykloheksan1 – prosty wzór sumaryczny, 2 – rozwinięty wzór sumaryczny, 3 – szkieletowy, płaski wzór strukturalny, 4 – szkieletowy, przestrzenny wzór strukturalny, 5 – pełny przestrzenny wzór strukturalny
Do układania związków chemicznych według wzoru sumarycznego może być użyty porządek Hilla, np. , , , ClNa, , , , HOT.
Do zapisu struktury molekuł w bazach danych stosuje się także różnego rodzaju systemy przekształcające wzory strukturalne w ciągi znaków, które bezpośrednio mogą być analizowane przez programy komputerowe, m.in. SMILES, CML i wiele innych. Te formy zapisu struktury cząsteczek nie są jednak uznawane za wzory chemiczne w tradycyjnym sensie.
Skróty grup We wzorach bardziej złożonych związków chemicznych stosuje się skróty, oznaczające całe, często powtarzające się grupy chemiczne.