W końcu wieku IX, podobnie jak wiele innych miast w północnych Włoszech, San Marino uniezależniło się od lokalnych feudałów, stając się komuną miejską. Jako komuna posiadało własny samorząd o charakterze demokratycznym i republikańskim. Ustrój samorządu wzorowany był funkcjonującym w przeszłości w greckich miastach-państwach oraz w państwie rzymskim. W 1000 r. zwołano zgromadzenie obywateli, zwane Arengo, w którym uczestniczyła głowa każdej rodziny. Arengo przejęła wszystkie dotychczasowe uprawnienia pana feudalnego. W XIII w. za zgodą papieża pierwszy raz powołano Wielką Radę Generalną oraz dwóch konsulów (tytułowanych następnie jako Kapitanowie, a później Kapitanowie Regenci). Arengo z czasem nadal traciła na znaczeniu, głównie na rzecz Wielkiej Rady Generalnej, aż do roku 1600, gdy ustrojowo niemal całkowicie zanikła.
W 1291 r. San Marino zostało uznane za niepodległe przez Państwo Kościelne.