XV–XIX wiek Obszar San Marino składał się jedynie z Monte Titano do 1463 r., kiedy to republika przystąpiła do sojuszu z Państwem Kościelnym przeciwko Sigismondo Pandolfo Malatesta, panu Rimini, którego następnie pokonano. W rezultacie tych wydarzeń papież Pius II nadał San Marino miasta: Fiorentino, Montegiardino i Serravalle. Jeszcze tego samego roku miasto Faetano przyłączyło się do republiki z własnej woli. Od tego czasu terytorium San Marino pozostało niezmienione.
W 1503 r. Cesare Borgia, znany jako Valentino, okupował republikę do swojej śmierci, która nastąpiła kilka miesięcy później. 8 października 1600 r. San Marino przyjęło pisaną konstytucję. W roku 1739 minister hiszpański kardynał Giulio Alberoni okupował kraj. Obywatele odmówili płacenia podatków, potajemnie wysłano również do papieża Klemensa XII listy, aby dochodzić sprawiedliwości. Odpowiedzią było uznanie przez papieża praw San Marino, co przywróciło mu niepodległość. W 1797 r. Napoleon chciał powiększyć obszar Republiki San Marino, ale mieszkańcy nie zgodzili się na powiększenie terytorium. W tym roku Francja uznała niepodległość San Marino. Pozostałe państwa europejskie uczyniły to w 1815 r. na kongresie wiedeńskim.