Do zakończenia wojny pełnił funkcję przewodniczącego rady nadzorczej i nie miał już możliwości aktywnie kierować dalszymi losami przedsiębiorstwa. Podczas 25 lat na stanowisku dyrektora naczelnego i prezesa zarządu udało mu się przekształcić małą firmę, zatrudniającą niewiele ponad 350 pracowników, w największego niemieckiego producenta silników samolotowych, dla którego z końcem 1942 roku pracowało 48 tys. osób
Po zakończeniu II wojny światowej Franz Josef Popp został aresztowany przez aliantów i postawiony w stan oskarżenia za przynależność do organizacji faszystowskiej, jak i za kierowanie zakładami zbrojeniowymi. W sądzie drugiej instancji został uniewinniony z postawionych mu zarzutów i wznowił próby powrotu do zarządu przedsiębiorstwa. Po kilku nieudanych próbach zrezygnował ze swoich zamiarów i przeprowadził się do Stuttgartu. 20 lutego 1952 został przewodniczącym „Verband zur Förderung der Luftfahrt” (pol. Stowarzyszenia Rozwoju Lotnictwa) – organizacji, która pod nazwą „Bundesverband der deutschen Luft- und Raumfahrtindustrie” (pol. Stowarzyszenie Niemieckiego Przemysłu Lotniczego i Eksploracji Kosmosu) istnieje do dziś.