Minister spraw wewnętrznych 28 czerwca 1934, po zamordowaniu Bronisława Pierackiego przez ukraińskich nacjonalistów, objął resort spraw wewnętrznych (przedtem przez pewien czas ministerstwem kierował sam premier, Leon Kozłowski, który wykorzystał ten czas do realizacji postanowień prezydenckiego rozporządzenia o powołaniu obozu w Berezie Kartuskiej).
Pomimo okoliczności nominacji Kościałkowskiego (kojarzonego z umiarkowanym skrzydłem sanacji), została ona odebrana przez opinię publiczną jako początek liberalizacji systemu. Nowy minister postanowił usprawnić administrację lokalną (w tym celu odbył kilkanaście podróży służbowych po kraju), jak również dojść do porozumienia z umiarkowanymi grupami polityków ukraińskich. Rozpoczęto nieformalne rozmowy z przedstawicielami Ukraińskiego Zjednoczenia Narodowo-Demokratycznego (UNDO), którzy zdali sobie sprawę z nieskuteczności prowadzonej dotychczas walki z władzami polskimi. Początki nie były łatwe – Kościałkowski m.in. wygłosił w lutym 1935 w Sejmie przemówienie, które Ukraińcy uznali za obraźliwe.