Brał aktywny udział w rosyjskiej wojnie domowej po stronie bolszewików. Od stycznia do marca 1918 dowodził bolszewickim oddziałem tyraspolskim, od czerwca 1918 – brygadą kawalerii 45 Dywizji Strzeleckiej. Od stycznia 1920 dowodził brygadą kaukaską, walczącą na Kaukazie i Ukrainie. Brał udział w operacji odeskiej w lutym 1920 r., rozbijając pod Odessą wycofujące się z zajętego już przez czerwonych miasta jednostki białych. Następnie jego brygada brała udział w wojnie polsko-bolszewickiej.
Od grudnia 1920 dowodził 17 Dywizją Kaukaską, zaś od września 1921 9 Dywizją Kaukaską, a w październiku 1922 został dowódcą 2 Korpusu Kaukaskiego. Uczestniczył w tłumieniu powstania Machny oraz powstania Antonowa w guberni tambowskiej.
Kotowski został zastrzelony 6 sierpnia 1925 podczas wakacji w Czabance koło Odessy. Do zabójstwa przyznał się Mejer Zajder, szef ochrony zakładów cukierniczych, związany z odeskim światem przestępczym. Okoliczności śmierci Kotowskiego, a następnie jego mordercy, pozostają niejasne i są przedmiotem spekulacjiZabójca został skazany na 10 lat więzienia, wkrótce po wyroku wypuszczony na wolność, został zabity przez podkomendnych Kotowskiego..