Podbijanie Pomezanii spowodowało wybuch I powstania Prusów, których poparł książę pomorski Świętopełk, wypowiadając wojnę Krzyżakom w 1242 r. W związku z porwaniem przez zakonników jego syna Mściwoja książę Świętopełk podpisał pokój na Kowalowym Ostrowie w 1248 r., na mocy którego m.in. utracił na rzecz Krzyżaków gród Zantyr i Pień oraz prawo pobierania od nich cła. Zdecydowało to o klęsce powstania i zmusiło Prusów do podpisania w 1249 r. układu w Dzierzgoniu. Prusowie uznali władzę zwierzchnią Zakonu i przenieśli się według jego postanowień za Pasłękę. Świeżo zdobyte tereny zakonne zostały skolonizowane przez chłopów sprowadzanych z Mazowsza, Czech i Niemiec.
II etap podboju Prus Drugi etap podboju Prusów zaczął się w rok po układzie w Dzierzgoniu, kiedy to zakon podjął jednorazową kampanię zdobycia Dolnych Prus i Sambii, co było możliwe dzięki wsparciu króla Czech Ottokara II. Na cześć tego króla główna siedziba zakonu w Dolnych Prusach została nazwana Królewcem.