Doświadczenia z walorem i kolorem Bosch połączył w ostatniej fazie twórczości.
Narysował wiele szkiców, część z nich stanowiła punkt wyjścia do obrazów. Z prac Boscha zachowały się szkice różnych postaci (głównie wieśniaków, żebraków i kalek), fantastycznych stworów, albo karykatur będących połączeniem obu tematów. Zachowały się też szkice do „Statku szaleńców” i „Śmierci skąpca”, z których potem korzystał Pieter Bruegel starszy i jego synowie. Szkice te przedstawiają nie tylko kompozycyjny układ dzieła, ale też wiele szczegółów, które w znacznej części twórca powielił w obrazie. Szkicował piórem, oszczędzając przy tym powierzchnię papieru.
Przemiany stylowe Bosch tworzył przede wszystkim na zlecenie Kościoła katolickiego, jak i świeckich notabli. W jego oeuvre przeważa typowa dla późnośredniowiecznego malarstwa tematyka religijna, jednakże już we wczesnej fazie twórczości artysta wprowadza wątki moralizatorskie i elementy fantastyczne. W fazie dojrzałej Bosch używa najwięcej wątków irracjonalnych i tworzy dzieła o skomplikowanej interpretacji. Wówczas namalował kilka tryptyków, z których najsłynniejszy to Ogród rozkoszy ziemskich, przedstawiający raj z Adamem i Ewą wśród fantastycznych zwierząt na lewym panelu, rozkosze ziemskie w części środkowej i piekło z różnorodnymi narzędziami tortur dla grzeszników na panelu prawym.