Podczas II wojny światowej przebywał na Litwie. Do Polski powrócił w październiku 1944 i objął stanowisko dyrektora Parku Narodowego i kierownika filii Instytutu Leśnictwa w Białowieży. Od 1952 Jan Jerzy Karpiński pracował w Warszawie jako samodzielny pracownik naukowy w Instytucie Badawczym Leśnictwa. W 1955 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1959 profesora zwyczajnego. W 1961 jako pierwszy na świecie wyhodował w warunkach laboratoryjnych owocniki borowika.
Był członkiem Komitetu Nauk Leśnych Polskiej Akademii Nauk, Rady Naukowo-Technicznej przy Ministrze Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego, Polskiego Towarzystwa Entomologicznego. Nigdy nie wstąpił do partii.
Zmarł 17 listopada 1965 w Warszawie. Pochowany został na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 60-5-27).
Ordery i odznaczenia
Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (1960) Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1956) Złoty Krzyż Zasługi (dwukrotnie: 1936, 8 maja 1946 „za zasługi, położone przy organizacji administracji publicznej służby zdrowia, oświaty oraz za wydajną pracę”.) Medal 10-lecia Polski Ludowej (1955)