Pod koniec ligowych rozgrywek zainteresowanie Hamšíkiem wyraził Liverpool, jednak działacze Napoli po raz kolejny poinformowali, że ich zawodnik nie jest na sprzedaż. W sezonie 2007/2008 Hamšík wystąpił w 37 spotkaniach Serie A oraz trzech meczach Pucharu Włoch. Napoli w lidze zajęło ósme miejsce i zapewniło sobie prawo startu w Pucharze Intertoto. Dzięki bramce Hamšíka dającej zwycięstwo 1:0 z Panioniosem Ateny, Napoli zwyciężyło w rozgrywkach Pucharu Intertoto i zapewniło sobie prawo startu w Pucharze UEFA. 12 kwietnia 2008 roku Hamšík przedłużył kontrakt z Napoli do 2013 roku
200px|thumb Sezon 2008/2009 Hamšík rozpoczął od strzelenia trzech goli w czterech spotkaniach. Słowak zdobył bramki w meczach z Romą (remis 1:1), Fiorentiną (wygrana 2:1) oraz US Palermo (wygrana 2:1). Hamšík stał się najlepszym strzelcem swojego zespołu prezentując lepszą skuteczność niż napastnicy Ezequiel Lavezzi, Germán Denis i Marcelo Zalayeta. W linii pomocy grywał najczęściej z takimi graczami jak Manuele Blasi, Walter Gargano, Christian Maggio, Daniele Mannini oraz Michele Pazienza. W rozgrywkach Pucharu UEFA Hamšík zadebiutował w zwycięskim 3:0 meczu eliminacyjnym przeciwko Vllaznie Szkodra. Z Pucharu UEFA Napoli zostało wyeliminowane przez Benficą Lizbona, z którą przegrało w dwumeczu 3:4.