2 listopada w spotkaniu z Milanem Hamšík doznał zwichnięcia stawu skokowego, jednak uraz nie był poważny i zawodnik wrócił do gry na następny mecz przeciwko Sampdorii. 19 stycznia 2009 roku Słowak został wybrany najlepszym piłkarzem młodego pokolenia w Serie A w 2008 roku. 11 marca 2009 roku na stanowisku trenera Napoli Edoardo Reję zastąpił Roberto Donadoni, który pod koniec sezonu powiedział, że liczy na pozostanie Hamšíka w klubie.
W trakcie sezonu zainteresowanie Hamšíkiem wykazywało wiele europejskich zespołów. Trener Interu Mediolan – José Mourinho zaoferował za Słowaka Julio Ricardo Cruza oraz Estebana Cambiasso. Wychowanek Slovana powiedział jednak, że nie zamierza opuszczać Neapolu i wiąże z tym klubem swoją przyszłość. Chęć pozyskania Hamšíka wyraziły również między innymi Juventus F.C., Inter Mediolan oraz Bayern Monachium. Pomimo gwarancji zarządu Napoli o pozostaniu Hamšíka, jedna z drużyn najbardziej zabiegających o jego pozyskanie, Juventus, w obowiązującym do 2013 roku kontrakcie Słowaka odszukał informację, że były zawodnik Slovana może odejść z zespołu, gdy ten nie zakwalifikuje się do europejskich pucharów.