Recenzując Socjobiologię Wilsona na łamach „”, biolog Eric Holtzman zwrócił uwagę na wpływ poglądów autora oraz zastanego modelu polityczno-gospodarczego na zastosowanie przez niego teorii socjobiologicznych do społeczeństwa ludzkiego i przekonywał, że w przypadku przedsięwzięć z pogranicza nauk przyrodniczych i społecznych odpowiedzialność za formułowanie uogólnień wykracza poza zwykłe standardy akademickie.
Z perspektywy filozofii nauki krytykowany jest także naturalizm koncepcji socjobiologicznych, nieudowadnialny z przesłanek socjobiologicznych, a mimo to postulowany jako ich wniosek.
W latach 70. XX wieku Wilson był oskarżany o propagowanie koncepcji rasowych, które doprowadziły do pojawienia się zbrodni w nazistowskich Niemczech, a także określany mianem faszystowskiego uczonego, wobec czego część badaczy zajmujących się socjobiologią zrezygnowała z używania tego terminu.
Zarzut dotyczący „tolerowania” czy wręcz „akceptowania” zachowań uchodzących w kulturze za niemoralne wynika (zdaniem zwolenników socjobiologii) w znacznej części z niezrozumienia istoty założeń socjobiologii.