Na pierwszym kongresie w Madrycie w 1979 roku część członków będąca zwolennikami wyborów do Rad Pracowników opuściła CNT i stworzyła Powszechną Konfederację Pracy, a następnie w 1990 roku Solidarność Robotniczą (Solidaridad Obrera).
CNT dziś CNT obecnie liczy 6000 członków. Nadal sprzeciwia się instytucji Rad Pracowniczych i krytykuje największe hiszpańskie związki zawodowe: UGT i Komisje Robotnicze oraz reformy praw pracowniczych. W 2005 roku rząd rozpoczął proces zwracania mienia zagarniętego UGT i CNT podczas wojny domowej. Spotyka się to z krytyką niektórych mediów i organizacji społecznych, według których rząd faworyzuje UGT. Mimo że CNT podczas wojny domowej liczył dużo więcej członków i dysponował rozleglejszą infrastrukturą od UGT, otrzymał o wiele mniejsze odszkodowanie. W czerwcu 2006 roku CNT i FAI wspólnie obchodzili 70. rocznicę Rewolucji Hiszpańskiej podczas której organizowali wykłady, dyskusje, projekcje filmów, wystawy oraz występy muzyczne.