W 1936 roku po wielu latach działalności podziemnej CNT została zalegalizowana i działała jawnie aż do zwycięstwa Franco w 1939 roku. Podczas wojny współpracowała ze stroną republikańską (chociaż nie podzielała poglądów większości ugrupowań republikańskich), wchodząc również do rządu republikańskiego Largo Caballero. Licząca ok. 2 000 000 członków CNT pozostawała wówczas najliczniejszym ugrupowaniem po stronie Republiki.
W sierpniu 1936 roku po ustabilizowaniu się frontu aragońskiego część regionu została zajęta przez frankistów. Pomimo dużego poparcia dla CNT w Aragonii represje nacjonalistów szybko rozbiły organizację. Inna część Aragonii została całkowicie wyłączona spod władzy Republiki i przejęta przez anarchosyndykalistów. Milicje CNT utrzymujące się Bajo Teruel i Huesce utworzyły komitety obrony, które zastąpiły dotychczasowe władze miejskie. Na obszarach gdzie anarchosyndykaliści mieli największe poparcie rozpoczęto proces kolektywizacji. Początkowo była ona dobrowolna, przejmowano grunty zaginionych i uciekinierów. Właściciele chcący zachować ziemię na własność nie mogli przekazywać jej osobom trzecim (poza członkami rodziny).