Następca ks. Lipowieckiego na probostwie szczebrzeszyńskim, ks. Teodor Batycki, kontynuował prace remontowe i dekoracyjne w cerkwi. W 1799 nakazał naprawę parkanu otaczającego teren świątyni, w roku następnym opłacił kolejne roboty na dachu oraz wstawił do świątyni ołtarz główny na miejsce tradycyjnego ikonostasu. W 1842 ołtarz ten został opisany jako czwórkolumnowa edikula ujęta dwoma drzwiami, nad którymi umieszczono dwie postacie aniołów. W edikuli znajdowała się uważana za cudotwórczą ikona Matki Bożej. Po ołtarzu głównym ks. Batycki zamówił dla cerkwi jeszcze dwa ołtarze boczne z ikonami św. Mikołaja i Zaśnięcia Matki Bożej. Do 1808 w wyglądzie cerkwi szczebrzeskiej doszło do kolejnych poważnych przeobrażeń. Zniszczono wieżę na jej elewacji. W 1829 ks. Jan Iwaszkiewicz zainicjował kolejną przebudowę obiektu, którą kierował majster Daszkiewicz. W ciągu kolejnych siedmiu lat w ramach tejże przebudowy zburzono kryłosy i wykonano neogotycką elewację, być może według projektu wykonanego jeszcze w 1808. Inspiracją dla wyglądu nowej fasady mógł być wygląd kościoła w Wielączy, natomiast sama cerkiew w Szczebrzeszynie stała się wzorem dla twórców cerkwi w Zamchu powstałej w latach 1842–1843. Według innego źródła neogotycka fasada, ufundowana przez Stanisława Kostkę Zamoyskiego, została wzniesiona jeszcze w 1808.