Pierwszy etap remontu, obejmujący wymianę ścian prezbiterium i wykonanie prowizorycznego dachu, trwał miesiąc. Po tym czasie parafia szczebrzeszyńska musiała zrezygnować z kontynuacji prac z powodu braku środków. Dopiero dziesięć lat później do renowacji przystąpiono ponownie. Do lata 1787 wykończono prace w prezbiterium, kładąc nową posadzkę i dach, zaś w 1795 do cerkwi wstawiono ławki. Budowa obszernego prezbiterium, które zastąpiło dawne niewielkie pomieszczenie ołtarzowe, zmieniła układ wnętrza cerkwi, upodabniając ją do kościołów rzymskokatolickich lub wzniesionych w XVIII wieku cerkwi unickich o zlatynizowanej architekturze (np. cerkiew św. Mikołaja w Chełmie, cerkiew w Klesztowie). Nie wiadomo, czy ks. Lipowiecki, decydując o tak poważnej zmianie w wyglądzie budowli, kierował się swoistą modą na wznoszenie unickich świątyń podobnych do kościołów, świadomie pragnął nadać obiektowi kształt podobny do kościoła łacińskiego, czy też uznał nowy układ przestrzenny za wygodniejszy.