Badania porównawcze, prowadzone pod kierownictwem dr Debbie Argue z Australijskiego Uniwersytetu Narodowego, dowiodły, że człowiek z Flores jest gatunkiem bliźniaczym w stosunku do człowieka zręcznego H. habilis – oba gatunki miały wspólnego przodka.
Mimo różnic w wielkości Homo floresiensis przypomina H. erectus, o którym wiadomo też, że zamieszkiwał południową Azję w tym samym mniej więcej czasie co najstarsze ze znalezionych okazów człowieka z Flores. Zaobserwowane podobieństwa są podstawą do stwierdzenia pokrewieństwa filogenetycznego.
Przełomem w badaniu pochodzenia człowieka z Flores było odnalezienie zębów oraz fragmentu żuchwy sprzed 700 tysięcy lat, łączących w sobie cechy Homo floresiensis oraz H. erectus. Według naukowców prowadzących wykopaliska, z których pochodzą owe szczątki, mogły one być dowodem wyewoluowania H. floresiensis z człowieka wyprostowanego. Wskazywali oni na fakt istnienia artefaktów, sugerujących przybycie grupy osobników H. erectus na wyspę około milion lat temu. Jak jednak dowiodły późniejsze badania, żuchwa H. floresiensis posiadała bardziej archaiczną budowę niż H. erectus.