Budowa ciała Najlepiej zachowane szczątki człowieka z Flores tworzą prawie kompletny szkielet i prawie nieuszkodzoną czaszkę około 30-letniej kobiety wzrostu około 1 metra. Jest to znaczna redukcja rozmiarów ciała nie tylko w porównaniu z Homo erectus, ale również w stosunku do trzy miliony lat wcześniejszego australopiteka, który prawdopodobnie nie rozprzestrzenił się poza Afrykę. Homo floresiensis jest więc najmniejszym znanym przedstawicielem rodziny człowiekowatych. Odkryte na Flores szczątki posiadają również szereg cech niespotykanych razem u żadnego innego znanego hominida.
Również w porównaniu z najmniejszymi przedstawicielami człowieka współczesnego rozmiary człowieka z Flores są niewielkie: Pigmeje afrykańscy mierzą do 150 cm, a przedstawiciele plemion Twa, Semang i ludów zamieszkujących Andamany osiągają około 135 cm. Jeśli chodzi o masę ciała, to ta różnica jest jeszcze bardziej rzucająca się w oczy – masa typowego człowieka z Flores mogła dochodzić do około 25–30 kg.
Homo floresiensis miał natomiast względnie długie ramiona, które prawdopodobnie, w razie niebezpieczeństwa, ułatwiały mu wspinanie się na drzewa.