Inteligencja Oprócz niewielkich rozmiarów ciała Homo floresiensis charakteryzował się też niewielkim mózgiem. Mózg omawianej kobiety miał objętość około 380 cm³, czyli dolną granicę objętości mózgów szympansów lub australopiteka. Jest też znacznie zredukowany w stosunku do Homo erectus, który miał mózg przeszło dwukrotnie większy (około 980 cm³). Tym niemniej, proporcja masy mózgu do masy ciała jest u człowieka z Flores niemal taka sama jak u jego domniemanego przodka, co oznacza, że oba gatunki mogły wykazywać podobną inteligencję. Znaleziska zdają się potwierdzać tę tezę.
W pobliżu szczątków znaleziono ślady ognia używanego do przyrządzania jedzenia oraz narzędzia kamienne bardzo podobne do złożonych narzędzi z epoki górnego paleolitu. Te ostatnie wytwarzane były przez człowieka współczesnego, którego objętość mózgu mieści się w granicach 1310–1450 cm³, czyli jest cztery razy większa od mózgu człowieka z Flores. Niektóre z narzędzi były prawdopodobnie używane do polowań na stegodony, co wymagało komunikacji i współpracy między jednostkami.