Tego samego roku na Filipiny dotarły dalsze uzupełnienia z Meksyku, co pozwoliło Legazpiemu na opuszczenie Cebu. Na czele 250 Hiszpanów i 600 tubylczych wojowników podjął podbój wysp Leyte i Panay. W rok później podążył, gdy dowiedział się, że miasto zostało zdobyte, śladami Goitiego i Salcedy do Manili, gdzie zawarł pokój z lokalnymi władcami muzułmańskimi, radżami Sulimanem, Matandą i Lakandulą. Porozumiano się w sprawie wspólnej rady miejskiej z dwoma burmistrzami, dwunastoma radnymi i sekretarzem. W rezultacie, 24 czerwca 1571 roku, López de Legazpi założył w tym miejscu stałą osadę, a wkrótce otoczył ją potężnymi murami. Istniejąca do dzisiaj dzielnica Manili nosi nazwę Intramuros. Ogłosił nowe hiszpańskie miasto stolicą wyspy Luzon i stałą siedzibą kolonialnych władz hiszpańskich w obszarze zachodniego Pacyfiku. Przy udziale zgromadzeń zakonnych augustianów i franciszkanów stworzył znakomicie działający rząd kolonii. Został pierwszym hiszpańskim Kapitanem Generalnym Filipin (gubernatorem) i z zapałem zajął się nawracaniem krajowców na katolicyzm. Tubylczych przeciwników nawrócenia torturowano i zabijano, współpracowników (głównie Hiszpanów) nagradzano encomiendami.