14 stycznia 1991 został wyniesiony do godności metropolity chalcedońskiego oraz dziekana synodu Patriarchatu Konstantynopolitańskiego.
Po śmierci patriarchy Dymitra I w październiku 1991 został wybrany patriarchą Konstantynopola. Intronizacja odbyła się 2 listopada 1991. Jest tym samym honorowym przywódcą duchowieństwa prawosławnego. Kontynuuje politykę dialogu z katolikami, nawiązał także porozumienie z przedstawicielami innych religii (islamu, judaizmu, innych wyznań chrześcijańskich). Zajął się odbudową hierarchii prawosławnej w niektórych krajach dawnego bloku socjalistycznego w Europie.
Jest narodowości greckiej, posiada obywatelstwo tureckie, jednak na zasadach prawa rum millet korzysta z praw suwerena nad wyznawcami greckiego prawosławia. Poliglota, władający poza tureckim i greckim również włoskim, niemieckim, francuskim, angielskim oraz klasyczną greką i łaciną.
6 października 1997 – w uznaniu wybitnego i trwałego wkładu w porozumienie religijne i pokój – został uhonorowany Złotym Medalem Kongresu (Congressional Gold Medal) – jednym z najwyższych odznaczeń cywilnych w Stanach Zjednoczonych.
19 marca 2013 jako pierwszy od niemal tysiąca lat patriarcha Konstantynopola, był obecny na inauguracji pontyfikatu katolickiego papieża Franciszka.