Eiri Masami jest dyrektorem projektu Protocol Seven (protokół internetowy nowej generacji z okresu trwania serialu) dla dużej firmy komputerowej Tachibana General Laboratories. Potajemnie umieścił w nim kod własnego autorstwa, aby zapewnić sobie kontrolę nad The Wired. Załadował swoją świadomość do The Wired i „umarł”, pozostawiając tylko swoje ciało. Masami wyjaśnia, że Lain jest artefaktem, dzięki któremu ma upaść bariera między światem wirtualnym a materialnym, a on do realizacji swojego planu potrzebuje jej, by weszła do The Wired i „porzuciła cielesność”, tak jak on to zrobił. W serialu próbuje ją przekonać wykorzystując obietnicę bezwarunkowej miłości, romantyczne uwodzenie i urok, a nawet używając gróźb i przemocy.
W międzyczasie anime przedstawia przebieg skomplikowanej gry w chowanego pomiędzy „Knights of the Eastern Calculus” (nawiązującymi do ), hakerami, o których Masami twierdzi, że są „wyznawcami, którzy pozwalają mu być Bogiem w The Wired”, a Tachibana General Laboratories, którzy próbują odzyskać kontrolę nad Protocol Seven. W końcu Lain po licznych introspekcjach zdaje sobie sprawę, że ma kontrolę nad umysłem każdego i nad samą rzeczywistością.