W roku 1966 wraz z Nelly Sachs otrzymał literacką Nagrodę Nobla.
Pochowany został na Górze Oliwnej w Jerozolimie.
Twórczość Zaczął pisać w wieku ośmiu lat; początkowo w języku jidysz, a od momentu osiedlenia w Palestynie po hebrajsku. Początkowo jego prace opisywały ludzi i tradycje, później Izrael. Jego najbardziej znanym utworem w jidysz jest Tojtn-tanc (Taniec śmierci). W Palestynie zadebiutował napisanymi już po hebrajsku opowiadaniami: Agunot (Porzucone żony) i Wehaja heakow lemiszor (Krzywe stanie się prostym). W czasie pobytu w Niemczech, wraz z Martinem Buberem, zamierzał wydać chasydzkie opowiadania; część z nich wydali w zbiorze Polin. Źródła twórczości Agnona to: dzieje Żydów w Galicji i jego źródła, współczesna literatura hebrajska i nauka o judaizmie, literatura i kultura niemiecka oraz inna literatura europejska. W późniejszym okresie poruszał tematy, którymi żyli osiedleńcy w Palestynie. W nowelach portretował młode społeczeństwo izraelskie.