W 1652 roku miasto spustoszyła epidemia cholery. W czasie potopu szwedzkiego 6 kwietnia 1656 doszło do zwycięskiej dla Polaków bitwy pod Kozienicami, ale w 1657 roku miasto zostało zniszczone przez siedmiogrodzkie wojska Jerzego Rakoczego. Sejm w 1658 roku wyznaczył starodubowianom Kozienice jako miejsce sejmikówUrzędnicy Wielkiego Księstwa Litewskiego. Spisy, tom IV: Ziemia smoleńska i województwo smoleńskie. XIV-XVIII wiek, redakcja: Andrzej Rachuba, opracowanie: Henryk Lulewicz, Andrzej Rachuba, Przemysław P. Romaniuk, Andrzej Haratym, przy współpracy: Andreja Macuka i Jaugiena Aniszczankis, Warszawa 2009, s. 18.. Ponownie miasto zostało zniszczone przez wojska szwedzkie w 1704 roku w trakcie wielkiej wojny północnej. thumb|Popiersie króla Stanisława Augusta Poniatowskiego przed muzeum w Kozienicach W 1764 powstał tu skład soli dla całego powiatu radomskiego, a w 1779 miasto otrzymało przywilej na 12 jarmarków rocznie. W 1782 miasto o przeważnie drewnianej zabudowie zostało zniszczone przez pożar i dzięki królowi odbudowane głównie jako murowane. W 1786 roku w miejscowości król Stanisław Poniatowski założył Królewską Manufakturę Broni Palnej, która w latach 1784–1788 przekształcona została w Fabrykę Broni w Kozienicach będącą największą fabryką broni palnej w Rzeczypospolitej.