Informacje historyczne thumb|Nazwa szyfru pochodzi od Juliusza Cezara, który stosował szyfr przesuwający z przesunięciem równym 3. Nazwa szyfru pochodzi od Juliusza Cezara, rzymskiego wodza i polityka. Szyfrował on prywatną korespondencję do swoich przyjaciół, zapisaną po łacinie, używając szyfru przesuwającego z kluczem 3. Z tego powodu niekiedy szyfrem Cezara określa się wyłącznie szyfr przesuwający z przesunięciem 3, zaś termin szyfr przesuwający jest zarezerwowany dla przypadku ogólnego.
Informacje na temat szyfru stosowanego przez Cezara pochodzą m.in. od Swetoniusza:
Adoptowany syn Cezara, Oktawian August, używał szyfru przesuwającego z przesunięciem 1 w prawo, przy czym zamiast podówczas ostatniej w alfabecie litery X, pisał podwójne A, o czym pisze Swetoniusz:
Istnieją źródła mówiące o tym, że Cezar używał również bardziej skomplikowanych systemów szyfrowania. Także pisarz rzymski Gelliusz nawiązuje do traktatu (obecnie zagubionego) na temat szyfrów rzymskiego wodza.