americanus prawdopodobnie wywodzi się z populacji holarktycznej reprezentowanej w Ameryce Północnej przez U. abstrusus. Wczesne formy były małe, ale stopniowo powiększały się w późnym irvingtonie i rancholabreanie. Niedźwiedzie czarne z późnego plejstocenu były generalnie większe niż współczesne formy z tego samego obszaru. Spośród dzisiejszych gatunków nie ulega wątpliwości bliskie pokrewieństwo niedźwiedzia polarnego i brunatnego, z którego ten pierwszy wyewoluował stosunkowo niedawno, a niedźwiedź czarny zdaje się być grupą siostrzaną kladu złożonego z dwóch poprzednich. Niedźwiedź himalajski sytuuje się w niektórych badaniach bliżej biruanga i wargacza, niż wyżej wymienionych trzech gatunków niedźwiedzia, wykryto ponadto istotny przepływ genów od niedźwiedzia himalajskiego do przodka tych trzech gatunków. Z kolei mtDNA sytuuje niedźwiedzia czarnego blisko niedźwiedzia himalajskiego, a kolejnym ich krewnym wydaje się biruang, podczas gdy niedźwiedź polarny i brunatny sytuują się blisko niedźwiedzia jaskiniowego.